Анатолий Федорович Кони родился (28 января) 9 февраля 1844 года в Санкт-Петербурге. Его отец был редактором журнала «Пантеон». Первоначальное образование Кони получал дома, а в 10 лет был определен в школу при церкви Св.Анны. В этой школе он проучился 3 года, а затем был принят в 4 класс Александровской гимназии.

Через два года Кони сдал экзамены за весь курс гимназии экстерном и решил поступить в университет на математический факультет. Но из-за студенческих волнений Петербургский университет был закрыт властями. Поэтому в 1862 году Кони поступил в МГУ, но уже на юридический факультет. В 1865 году он окончил его и получил степень кандидата права. Кони был назначен прокурором окружного суда, а вскоре стал его председателем.

В 1878 году Кони был председательствующим в громком судебном заседании по делу Веры Засулич, которая стреляла в петербургского градоначальника Трепова. Благодаря А. Ф. Кони, его блестящей речи в защиту подсудимой, присяжные заседатели вынесли оправдательный вердикт Засулич. Этим самым Кони вызвал недовольство властей и был переведен на низшую должность.

В 1900 году Кони прекратил свою работу в суде и начал заниматься преподавательской деятельностью. Через несколько лет премьер-министр П. А. Столыпин предложил Кони пост министра юстиции, но он отказался.

Кони скончался от пневмонии 17 сентября 1927 года.