Якоб Лемер родился около 1585 года, точная дата неизвестна. В 1615-1616 году вместе с Виллемом Схаутеном совершил кругосветное путешествие. Целью этой экспедиции было нахождение нового пути к Островам специй через Тихий океан, в обход монополии Голландской Ост-Индской компании.

В 1615 году в голландском городе Горн снаряжены были два корабля: «Эндрахт» и «Горн». Экспедицию возглавил сын Исаака Лемера, Якоб. В конце мая 1615 года Лемер и Схаутен отплыли из Хоорна. Три месяца они плыли через Атлантический океан. Во время этого похода на «Горне» вспыхнул пожар. Сгорело все, кроме пушек. Пушки и люди были перевезены на борт «Эндрахта».

25 декабря 1615 года Лемер и Схаутен открыли остров Эстадос. Они назвали этот остров Землей Штатов, поскольку посчитали его северной оконечностью Неведомой Южной земли.

Плавание продолжалось, и 13 января 1616 года справа остался Магелланов пролив. 29 января 1616 года экспедиция подошла к самой южной точке Южной Америки — мысу Горн (мыс назван в честь родного города Схаутена — Хоорн).

В апреле 1616 года путешественники открыли несколько островов архипелага Туамоту, а в мае – северную часть архипелага Тонга, и, наконец, 25 июня достигли архипелага Бисмарка (островная группа, с 1884 ставшая германской колонией и названная по имени Отто фон Бисмарка), открыв по пути острова Новая Ирландия и Новый Ганновер.

17 сентября 1616 года экспедиция прибыла к Молуккам после шестнадцати с половиной месяцев плавания. Лемер умер на обратном пути из Индии в Амстердам 22 декабря 1616 года.