История деятельности таможенной системы Республики Молдовы начинается сразу же после провозглашения независимости государства — 4 сентября 1991 года, с момента вступления в силу Указа Президента Молдовы №189 от 3 сентября 1991 года «О подчинении таможенных учреждений на территории Республики Молдовы».

Этот Указ предусматривал переход всех таможенных структур, расположенных на территории Республики Молдовы, состоящих на тот момент из таможень Унгень, Леушень и внутренней таможни Кишинэу, под руководство Правительства Республики.

Таможенная служба Республики Молдовы является центральным административным органом, который обеспечивает экономическую безопасность государства, осуществляет таможенную политику и непосредственно руководит таможенной деятельностью в Республике Молдове.

В цели таможенной службы входит обеспечение в соответствии с международными стандартами экономической безопасности государства, упрощение процедур торговли в сотрудничестве с гражданским обществом и бизнес-сообществом, с целью развития международной торговли и создания климата, благоприятного для привлечения инвестиций.

Миссия таможенной службы состоит в реализации таможенной политики с целью обеспечения экономической безопасности государства, посредством упрощения процедур торговли, безопасности международного товарооборота, обеспечение соблюдения таможенных правил, взимания импортных и экспортных таможенных платежей, борьбы с таможенными правонарушениями, развития профессиональной и транспарентной администрации, которая внедряет международные стандарты для упрощения таможенных процедур и защиты общества, применяя беспристрастно таможенное законодательство.

С октября 1994 года, Республика Молдова становится полноправным членом Всемирной таможенной организации. С момента создания таможенных органов и до сегодняшнего дня наблюдается их постоянное и стабильное развитие, что отражается в освоении современных технологий, используемых в международной практике.