Владимир Иванович Хотиненко родился 20 января 1952 года в городе Славгороде Алтайского края. После окончания школы около года работал художником-конструктором на Павлодарском тракторном заводе, затем был призван в армию. После демобилизации поступил в Свердловский архитектурный институт, который окончил в 1976 году.

В 1978 году пришел на работу в Свердловскую киностудию, в качестве художника-оформителя принимал участие в создании фильмов «Гонка с преследованием», «Дым Отечества», «Казачья застава», «Вот такая музыка».

В 1981 году Владимир Хотиненко окончил Высшие курсы сценаристов и режиссеров. Первым фильмом Хотиненко-режиссера стал фильм «Один и без оружия», который он снял в паре с П. Фархутдиновым в 1984 году. В фильме «Зеркало для героя» (1987) Хотиненко проявил себя как многообещающий постановщик. Благодаря фильмам «Макаров» (1993) и «Мусульманин» (1995), Хотиненко смог занять место среди ведущих российских режиссеров.

Большой успех имели такие режиссерские работы как «Гибель империи» (2004), «72 метра» (2003), «1612» (2007).

Хотиненко также снялся в нескольких фильмах: «Родня», «Самолет летит в Россию», написал сценарии к некоторым своим фильмам, был их продюсером.

Хотиненко преподает режиссуру на Высших курсах сценаристов и режиссёров. Имеет звание Заслуженного деятеля искусств Российской Федерации (2001).