21 сентября 1993 года вышел Указ Президента РФ Бориса Ельцина «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации», в котором Конституционному Суду было предложено не проводить заседаний. Одновременно была прервана деятельность Съезда народных депутатов и Верховного Совета РФ. Были введены в действие временные положения о федеральных органах власти, о выборах Государственной Думы.

Указом от 7 октября 1993 года деятельность Конституционного Суда была приостановлена. После принятия 12 декабря 1993 года новой Конституции РФ Президент РФ Указом от 24 декабря 1993 объявил Закон РСФСР о Конституционном Суде недействующим.

23 июля 1994 года вступил в силу федеральный конституционный закон «О Конституционном Суде Российской Федерации».

Закон определил Конституционный Суд как судебный орган конституционного контроля, самостоятельно и независимо осуществляющий судебную власть посредством конституционного судопроизводства. Общее число судей Конституционного Суда было увеличено до 19, созданы две палаты КС.

На Конституционный Суд были возложены такие полномочия, как дача общеобязательного толкования Конституции РФ, предусмотрена возможность установления дополнительных полномочий Конституционного Суда. После избрания полного штатного состава в феврале 1995 года Конституционный Суд возобновил свою работу.