Фердинанд III, старший сын императора Фердинанда II и Марии Анны, дочери герцога баварского, родился 13 июля 1608 года в Граце.

Воспитание получил у иезуитов. В 1625 году был коронован как король Венгрии, а в 1627 году – Чехии. Фердинанд желал встать во главе имперской армии, воевавшей в Тридцатилетней войне, однако этого не допустил Валленштейн, бывший тогда главнокомандующим имперских сил.

Когда в 1634 году Валленштейн был убит, Фердинанд овладел Регенсбургом и Донаувертом, а также номинально считался победителем шведов при Нордлингене (где на самом деле командовал Матиас Галлас).

В 1636 году был избран королем римским, а после смерти отца в феврале 1637 году стал императором Священной Римской империи.

Фердинанд стремился к прекращению Тридцатилетней войны, однако не желал предоставлять протестантам религиозную свободу. В 1647 году Фердинанд чуть не попал в плен к шведскому предводителю партизан-наездников Гельмгольду Врангелю, его успели спасти с большим трудом.

В 1648 году Фердинанд согласился, наконец, на заключение Вестфальского мира, даровавшего известные права протестантам (реформатам и лютеранам). Освободить свои владения от бродивших там и сям военных и разбойничьих шаек Фердинанду удалось лишь в 1654 году.

В 1656 году Фердинанд направил армию в Италию, выступив в союзе с испанцами против французов, а в 1657 году подписал договор с Польшей о совместных действиях против короля Швеции Карла Х.

Умер Фердинанд в Вене 2 апреля 1657 года.