Юрий Федорович Лисянский родился 2 апреля 1773 года в Нежине, в Киевской губернии. Отец его был священником Нежинской церкви святого Иоанна Богослова. Учился Лисянский в Морском кадетском корпусе.

Он принимал участие в нескольких сражениях на фрегате «Подражислав» под командованием адмирала Грейга в годы Русско-шведской войны 1788-1790 годов. После окончания войны продолжил службу в британском флоте, до 1800 года проходил стажировку в Англии, совершил несколько путешествий, в том числе в Индию.

На родину он вернулся в качестве командира шлюпа «Нева», под командованием И. Крузенштерна совершил первое в русской истории кругосветное путешествие. Сам Крузенштерн командовал кораблем «Надежда». В ходе этой экспедиции был открыт и назван по имени Лисянского один из Гавайских островов.

В 1803 году Лисянский и Крузенштерн стали первыми русскими мореплавателями, пересекшими экватор, в феврале 1804 года корабли «Нева» и «Надежда» оказались в Тихом океане. Здесь Лисянский взял курс на остров Пасхи с намерением подробно исследовать берега, природу и жителей.

В 1804-1805 годах Лисянский со своим штурманом Д. Калининым исследовал остров Кадьяк в Русской Америке и архипелаг Александр. В результате этой экспедиции были открыты острова Крузова и Чичагова.

Осенью 1805 года Лисянский со своей командой по пути в порт Макао в Китае открыли риф Нева и риф Крузенштерна. Из Макао шлюпы «Нева» и «Надежда» отправились в Кантон, откуда проследовали в Кронштадт, где и завершилась первое русское кругосветное плавание.

Ю.Ф. Лисянский удостоился звания капитана первого ранга. Вскоре после этого он подал в отставку из-за отказа в финансовой помощи для издания его собственной книги «Путешествие вокруг света в 1803-1806 годах на корабле "Нева"».

Юрий Лисянский умер в Петербурге в 1837 году и похоронен в Некрополе мастеров искусств Александро-Невской лавры.